Um die bereits ausgezeichnete Bremsleistungsfähigkeit der Z1000 noch weiter zu steigern, greift die R-Version auf Hochleistungs-Bremsbauteile wie die bei der Ninja H2R zurück. Die eingebauten Brembo-Bauteile gehören zu den besten, die für Volumenmodelle erhältlich sind. Es wird eine hochpräzise, lineare Bremskraft ermöglicht, die zu einer überragenden Beherrschbarkeit beiträgt.